De Nederlander ging op het circuit van Sakhir rond in 1.35,103 en kwam iets minder dan een halve seconde tekort om zich te plaatsen voor het laatste deel van de kwalificatie.
De coureur van Toro Rosso klaagde tijdens de kwalificatie over motorproblemen. Verstappen had in de laatste vrije training ook al overstuur in de bochten.
De 17-jarige Limburger was uiteindelijk ruim tweeënhalve seconde langzamer dan Hamilton. De Brit was veruit de snelste in 1.32,571 en pakte voor de vierde keer op rij en voor de eerste keer in Bahrein pole position.
Sebastian Vettel liet de tweede tijd noteren op bijna een halve seconde van Hamilton. Nico Rosberg reed in 1.33,129 naar de derde plaats.
Kimi Raikkonen (Ferrari) klokte de vierde tijd en hield Valtteri Bottas achter zich. Zijn teamgenoot bij Williams, Felipe Massa, start zondag als zesde. Daniel Ricciardo noteerde de zevende tijd.
Sainz
Carlos Sainz jr. verraste met de negende plaats in 1.34.462. De teamgenoot van Verstappen was maar nipt langzamer dan Nico Hülkenburg en hield Romain Grosjean knap achter zich.
Voor Jenson Button liep de kwalificatie uit op een drama. De wagen van de coureur van McLaren-Honda viel aan het begin stil, waardoor de Brit de strijd al snel moest staken en geen tijd kon neerzetten. Button start zondag achter aan het deelnemersveld.
Zijn teamgenoot Fernando Alonso klokte de veertiende tijd.
Daniil Kvyat viel ook al in het eerste deel van de kwalificatie af. De Rus van Red Bull Racing kwam niet verder dan de zeventiende tijd.
