Porsche pakte vervolgens ook de derde plaats met Mark Webber, Timo Bernhard en Brendon Hartley. De tweede Toyota in het veld, de TS040 Hybrid van Alexander Wurz, Stéphane Sarrrazin en Kazuki Nakajima klokte de vierde tijd. Zoals verwacht kon Audi geen enkele vuist maken in het gevecht om de pole. Het verhaal werd nog een stuk zuurder doordat de wagen van Tom Kristensen, Lucas di Grassi en Loïc Duval door Audi binnen werd binnengehouden. De nr. 1 Audi werd volledig uit elkaar gehaald en moest opnieuw worden opgebouwd. Wat de precieze reden is blijft vooralsnog onduidelijk. Marcel Fässler, Benoit Treluyer en André Lotterer reden de nr. 2 Audi met een nieuw chassis naar de vijfde tijd.

In LMP2 waren het opnieuw Roman Rusinov, Olivier Pla en Julien Canal die met de G-Drive Ligier de pole pakten in de LMP2-klasse. Sergey Zlobin, Nicolas Minassian en Maurizio Mediani kwamen zeven tienden van een seconde te kort op de snelste tijd bij de kleinere prototypes. Aston Martin domineerde opnieuw de beide GTE-divisies. Bij de Pro´s gingen Darren Turner en Stefan Mücke met de snelste rondetijd aan de haal. Kristian Poulsen, David Heinemeir-Hansson en Nicki Thiim deden hetzelfde bij de Am´s.

Uitslag kwalificatie FIA WEC 6 uur Bahrein: